教育部于2014年3月中旬公布了2013年全国职业教育先进单位和先进个人名单，南通航院航海系被确定为全国职业教育先进单位。

据悉，全国300家职业教育单位获得全国职业教育先进单位称号，江苏省共有18所中高职院校获此殊荣。

多年来，南通航院坚持国际化的办学特色，打造专业化的服务品牌。南通航院航海职业技术教育发轫于1960年，己经有53年的历史。学院在建校之初就把水上运输类专业作为优先发展的专业进行重点建设，于1996年开始实施高等航海职业技术教育。经过半个世纪多的航海专业建设和人才培养工作实践，已形成了“崇尚实践、服务社会”的办学理念，具有鲜明的高等航海职业技术教育特色。该系的航海技术专业是江苏省高职示范专业、江苏省高职品牌专业、国家骨干院校重点建设专业。该系建有省级实训基地，在省内外30多家航运企业建立了校外实训基地，教育教学成果丰硕，建有国家级精品课程、江苏省高等学校精品课程和江苏省高等学校优秀课程群，并构建了基于工作过程的课程体系。该系做好学历教育工作的同时，着重培养教师的科研能力和科技服务能力，打造了教学团队专业化的服务品牌，有效地提升了服务区域经济和社会发展的能力，为江苏省实施沿海、沿江开发战略做出了贡献，并获得了“南通市职业教育服务经济贡献奖”。该系对学生实施半军事化管理和“双向四段”工学结合人才培养模式，毕业生综合素质高、职业能力强，能获得国际海事组织认可的海船驾驶员岗位证书，近十几年连续出现了毕业生供不应求的喜人局面，毕业生深受国内外航运企业的青睐，南通航院获2012-2013年度全国毕业生就业典型经验高校。